Многие киргизские согласные изменяются в зависимости от соседних с ними звуков. Такие изменения называются ассимиляцией.

1.Ассимиляция в конце слова

В конце слова звонкие согласные оглушаются. Чаще всего такое оглушение отражено на письме (т.е. слово пишется с глухим согласным и только анализ его происхождения позволяет определить, что в этом месте раньше находился звонкий), например: жооп ответ (из таджикского жавоб) - сравните жообу его ответ, китеп книга (из арабского китаб) - сравните китеби его книга. Но в случае, когда слово оканчивается на -з, в письме сохранятеся -з, хотя произносится -с (точнее, как полузвонкий звук, средний между з и с): биз мы (произносится примерно бис, жүз сто (произносится жүс). 

2. Ассимиляция К и П перед гласным

Если к слову, оканчивающемуся на глухой согласный к или п после гласного, присоединяется гласный, то конечный согласный слова между двумя гласными озвончается: бак сад - багым мой сад, топ мяч - тобу его мяч.

Если перед конечным согласным имеется другой согласный, то озвончение не происходит: кырк стриги - кыркып жатам я стригу.

3. Переход Л, Н > Д

Очень часто (хотя и не всегда) формант, начинающийся на -л- или на -н-, присоединяясь к звонкому согласному, меняет свой первый согласный на -д-:

кыз девочка + -лар (мн. число) > кыздар девочки

алар они + -ны (вин. падеж) > аларды их

сөз слово + -лук (словообразовательный формант) > сөздүк словарь

жаз весна + -нын > жаздын весенний

4. Оглушение после глухого.

Присоединяясь к глухому согласному, начальный согласный форманта оглушается:

дос друг + -лар (мн. число) > *дос-дор (звездочкой обозначена "Теоретическая форма", которая изменяется дальше; в данном случае форма досдор образовалась согласно предыдущему правилу, но и она изменится) > достор друзья

бут нога + -га (местный падеж) > бутка к ноге

кет уйди + -кен (формант причастия перфекта) > кеткен ушедший

көп много + -бы (вопросительная частицы) > көппү много ли?